灵塔殿系大经堂的内殿。灵塔殿内供奉的是拉卜楞寺五位主持嘉木样大师的肉身灵塔。也叫舍利塔。五座塔是五座纪念碑，以时间次序先后排列。

灵塔殿两旁摆着的是拉卜楞寺根本大施主河南蒙旗王爷和王妃的灵塔。另外，还摆放有寺内历世职高位尊活佛的灵塔。殿内共有骨灰塔 26座。

按照佛教的教义，活佛涅磐之后，是要火化的，因为一旦灵魂走了，肉体就要离开凡尘。但是拉卜楞寺却“违忏”了这个“规范”，这是由于一世嘉木样洛桑坚参功德昭著，创建了拉卜楞寺，在安多地藏区广泛弘扬了佛教。且著作多，声誉高，所以，圆寂后，河南蒙旗王爷夫妇及僧侣集体献银一千两，修建肉身灵塔，并在塔身捶雕各色花纹图案，镶嵌各种珍贵宝石，以兹纪念。

以后，历世嘉木样圆寂，寺院都按例制作舍利灵塔，塔前镶有活佛的画像或者照片，放在殿内。随着寺院声望的提高，财产的增多，塔也越来越精美、高大。最富华的要算五世嘉木样（ 1916--1947）。塔高3米多，用银子包裹，上面雕镂各种图纹，再上面是各种宝石镶嵌。四周有子母绿宝石、金刚石、珊瑚、玛瑙、珍珠、松耳石、腊珀、琥珀、翡翠等2万余件，花去白银1.4万两，赤金260余两。