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三、组织机构
随着拉卜楞寺的发展和政教合一制度的不断完善，统一而严密的一整套组织机构和管理办法也逐渐形成、健全和强化。
六大学院之一的医学院，作为学术机构，属拉卜楞寺最高权力机构——下议会领导。学院设法台（赤哇）一人，由嘉木样活佛委派，一般任期三年，全权主管学院以宗教事务为主的重大事项。有执法司僧官（格贵）一人，多由本学院德高望重的僧侣担任，负责执行规章制度，维护学院各类活动的秩序。经头（翁则）一人，领导和监督诵经。大财务司二人，主管财经事务。小财务司二人，即采药财务司和嘛呢财务司，分别主管采集药物和五月法会期间的财务。学院另有僧众代表六人，出席上下议会。
经济来源与整个拉卜楞寺院的经济体制相一致。医学院也有森林、土地、基金等专有资产，主要来源于寺院的划分及募化、布施和奉献等。医学院的森林、土地分散在大夏河沿岸九甲乡的勒吉合、洒易囊、兰木西、福地沟，达麦乡的当卫道、山塘、尤口、乎尔卡甲等村。土地出租给当地农民，收取租粮，作为医学院外出采药时的口粮。各类财产归集体所有，统一开支。
四、学经制度及研习内容
六大学院之中，医学院的规模较小。拉卜楞寺的几千僧侣中，医学院的人数仅在１００人上下，最盛时也不足２００人。除参加全寺和本学院的各类法会和宗教活动外，医学院僧侣主要修习藏传佛教密宗、研习藏医药学。医学方面的教学、研习、实践活动情况，主要有如下几方面：
（１）学僧的班级划分
学僧入寺后，按年龄及所学程度，分为三个学级，即初级班、中级班、高级班。各学级均按不同的次第修习。修业年限不固定，只要勤奋学习、完成规定的学习任务、成绩优良、考试考核合格者，均可递升。
师资来源，一般由本院具有较高学识、有一定的理论修养和实践经验充任医学院教师。
除集体教学活动外，医学院也实行个人求师拜师、以师带徒的传承方式。一般初学者，个人都有固定的师父，大都是自己的长辈亲友。也有一师多徒或一徒多师的。还可根据需要和条件，在学院内外，拜请其他人为师。多数是为了专学某门知识而专拜某学有专长者为师，以求深造的。
（２）修习内容
以学习佛教经典为第一位，主奉药王师、马头明王和阿门閦佛等三佛。各学级都有不同的内容，从入门的《皈依经》到高深的《菩提道次第广论》，有大量的佛经学习任务，须如期完成。
在医药学方面，各学级的主要学习任务是：以学习《四部医典》的第一部《总则医典》（藏医基础理论大纲，共六章）与第四部《后续医典》（脉诊、尿诊、药物剂型、外治诸法等，共二十七章）、《四部医典》的第二部《论述医典》（医药基础理论，共三十一章）与第三部《秘诀医典》（各类疾病的治疗篇，内容最多，共九十二章）以及《四部医典》、《先师亲传》、《蓝琉璃》、《晶珠本草》等十多部著名注释本，深入钻研，掌握人体生理、病理及疾病的诊断、治疗方法。医学院学僧，从孩童时入寺，接受藏语文启蒙教育，从初级班到高级班，大致经历１０多年时间。高级班结业，标志着初学阶段的结束的僧侣，个别人经过选拔，可担任本寺诸活佛的保健医生，或应邀去外地讲学，部分人担任本学院教师。此外，都留在本学院内，继续钻研佛学、医学，以终天年。有志于钻研医学的僧侣，一生大都得深入钻研十部有名的医学典籍，并创造条件，长期从事临床实践与制药实践，方可达到精深的水平。据说，过去医学院也曾有过“辩经”和考取“曼仁巴”学位的制度。拉卜楞寺医学院的僧侣，继承传统学习方法，在学习阶段，仅以佛典、医典的讲闻诵背为主，考试方法亦以背诵为主。
（３）教学活动安排
在藏历正月祈祷大法会期间，由学院的赤哇、格贵等负责，统一安排学院全年的医学教学活动要点，按期执行。每年大同小异，一般的安排如下： |
