通过佛经翻译，藏族高僧整理了大量的医学理论，早在公元八世纪就产生了著名的《居悉》、即《四部医典》。据史料记载，《四部医典》是藏族高僧宇妥•云丹贡布于公元八世纪集合藏、汉、印三方面的医疗技术和理论撰写而成，从而确立了自成体系的藏医药学。《四部医典》至今仍是藏族医学的基础理论。规模比较大的藏传佛教寺院内都建有医学院，设有一整套从理论到实践的医学课程，为继承和发展藏医药学发挥了巨大作用。

公元17世纪初，甘丹颇章王朝建立，这个王朝中比较有成就的是五世达赖（1617～1682），他十分重视发展科学，采取了一系列鼓励发展医学的政策和措施，使藏医学得到较大的发展。

五世达赖对培养医学人才比较重视，先后建立藏医机构数处。如在拉萨北郊的哲蚌寺设立"医学利众寺"，下令恢复日喀则的医学校，招收优秀青年喇嘛学习《四部医典》，培养优秀学者。

不久，五世达赖的摄政王第司•桑吉嘉措在拉萨设立"药王山医学利众寺"。该寺由桑吉嘉措直接主持。他凭借其政治地位，广泛研究历代各注家的著作，并根据亲身经验，对《四部医典》进行了深入细致的研究，特别对那些有争议的、比较难懂的问题进行了通俗的注解和诠释，于1686年完成巨著《四部医典蓝琉璃》，篇幅比原著增加一倍以上，内容通俗易懂，是《四部医典》的标准注释本。

这一时期，刻板和印刷的技术均已大大提高。桑吉嘉措在五世达赖的批准下，刻印了一大批藏医的重要著作，如《四部医典》扎汤版，洛追给布的《祖先口述》《新老宇陀传记》《四部医典蓝琉璃》等许多著作。桑吉嘉措还根据《四部医典蓝琉璃》的内容，主持绘制了一整套藏医彩色挂图，用形象的图画把该书的内容通俗地表述出来，全套挂图共79幅，这是世界医学史上仅有的珍贵文物，受到国内外藏学界及藏医界的特别重视。

这一时期的本草学著作是帝玛•丹增彭措的《晶珠本草》，全书收载各类药物2294种，涉及每一种药物的形态、功用、产地、用法等内容，是藏医药史上影响最大的药物学专著。

此外，这一时期藏医药在西藏以外的地区也得到了一定的发展。如公元1711年，青海的塔尔寺便建立了"曼巴扎仓"，此后，广惠寺、夏琼寺、拉加寺等寺院也相继建立了"曼巴扎仓"，开设藏医课程，学习经典医著，带徒传技，采制藏药，医治疾病，培养了一大批藏医人才。

十三世达赖（1895～1933）时期，藏医药有了进一步的发展。除发展医疗活动和整理古医籍外，对医学教育也给予了特殊的重视。1916年，达赖曾指示著名医学大师钦绕诺布主持建立一个医学和天文历算机构"门孜康"，专门培养藏医学和天文历算人才，编制藏族历书。学校学习以《四部医典》为主，同时还要学习天文历法、历史、诗歌等课程。学校有一整套严格的考试制度，学制为6年，学生最多时达150名。这所学校一直是近代培养藏医的主要场所。