规定寺内学习五部大论（在噶当的六大论上增加了抉择正见的中观学），是从律经论三藏中选出最有代表性的经论。 三学（闻、思、修的主要内容），戒－《律经》【64】， 定－《现观庄严论》【65】（谈菩萨修行证果），慧- 中论（佛教的最高哲学思想）【66】 ，因明（锻炼逻辑思想、抉择正见）【67】 俱舍（辩诸法性相为佛学入门书）【68】。

五部大论概括了经、律、论三藏的教法内容，其它学习的经论注疏文献，各寺采用的教本不尽相同，甚至连各扎仓也不尽相同。

寺院规定僧人必须读完显教的五部大论，先学何经，后学何经，何时完结，均有详细的规定，显教学完考格西【69】后，才能进上下密院学习密乘，密教先学事相如摆供设坛等，然后才学灌顶实修。

为了保证学习，学院有一整套组织制度，如扎仓、康村【70】、米村【71】等。各大小学院中均设堪布【72】作为主持，格贵【73】维持戒律秩序，翁则【74】领班念诵，格更【75】实际教学等等。当然这些组织与规章制度不是一时完成的，而是逐步改进，不断完善而发展起来的。这亦表明大师的改革心愿是得到完全实现后黄教才能得到很大的发展。

关于学经的过程即是实践闻、思、修的过程，通过闻、思、修作为手段，在戒、定、慧中磨练，逐步升级，最后达到求解脱的目的。所学各种典籍均有详细注解，贯彻大师的思想体系。这就创造了格鲁派的理论基础。各学院中还有规定的考试制度，学成给以学位职称。

在清净见、修、行方面，宗喀巴是在噶当的思想基础上逐步发展提高的。一个教派是否纯正，首先要看它的见、修、行是否正确。见就是见解、观点；修就是修道、修法，有显有密；行就是行为、操行。见、修是指定、慧，行是指戒律。大师提出见、修不是无的放矢，都是针对当时各派中所出的弊端而提出来的。

在见上，承不承认有一个最终的真实【76】，为一切万有依托这处。藏传佛教其他派别，如觉囊派【77】承认此本真为绝对有，称为胜义有。宁玛派【78】、噶举派【79】、萨迦派【80】承认有此本真，但认为此本真既不可说有，也不可说是无，是非空非有的。格鲁派承认万法是缘起性空，假名安立，否认有一个绝对本真为依托处，若承认有此本真，则为因中有果论，在四边生【81】中为自生论，违背龙树中观学说。说胜义实有是空性，实有论堕常边。说非空非有，是言语矛盾，不合逻辑。说空性是都无所有，是否认缘起业果，属外道见，大师是以中观应成派【82】见来作批判的。在修上，大师提出许多修心方便，尤其是注重止观【83】的修习，要止才能定，定而后才能发慧，观就是研究诸法真理，要找到真理才能发生解脱之智。止是安住修，观是观察修，二者要结合修习，不可偏废。这正是针对当时时弊，对症下药。那时确有一些人不注重教理学习，修习也想走捷径，一步登天，不看自己根器反而说不能顿悟之人才入渐修渐悟的止观法门。他们都采取了一些顿门中的一些片词只句，狂言乱语，说什么凡属分别【84】皆应断绝，分别是散乱【85】，分别是取相【86】，要修无念；或说分别是法身【87】庄严，分别愈多，修证愈大，或说无修无治，任运天真，凡有作为，皆属功用等等。这些说法也不是完全不合理，因为若能顿悟实相【88】，实相只能是直觉现量，不能用意识推度或用逻辑思维，它不是妄想能够了悟的，故要你无念。当然，禅宗也说无念，这个无念就是要不打妄想。《密乘要集》说：“诸修道人多分遣知，唯宗真空，吾不遣知，为所宗尚，修道成佛皆非无知”(原书183页)。重在知字，可见并非说要完全无念。过去有人对禅宗有误解，他们不懂在憩心息妄无念后还要孤明独知，说“知之一字，众妙之门”。噶举派说妄念是法身波，这是一种最高境界，因为已悟真性之体，妄念就是即体之用，此乃真知。说无修无治，也是顿门本具观，认为既悟本体，一切均是从体之用，一切佛的身智本自具足，本有自然智，此非修中所得的。以上都是对见性人【89】来说的，非是对一般化机说的。一般人修学佛法，执着缠缚尚重，所以，如大师所说应从止观修习，用止来收散心，然后用观慧来明辨善恶，明辨真理，观慧是要重思考的，得观慧后才能彻断烦恼而出生死。所以大师说思维理智是绝不可少的，不是凡有分别都要排除，或者一切都要保留。若全不作意【90】则能得一切智者成佛的结果，是从异因能生异果了。故此如何对待分别是一个很重要的问题。