自1980年以来，中央政府在财政困难的情况下，先后拨款2亿多元用于西藏寺庙、灵塔祀殿等宗教场所的维修。1985年国家又拨专款670多万元、黄金108.85公斤、白银1000公斤、水银665公斤，修复五世至九世班禅灵塔。

十世班禅大师于1989年1月28在西藏圆寂，国务院即于1989年1月30日作出决定，宣布参照历史定制，并按照藏传佛教仪轨办理第十世班禅转世灵童的寻访、认定等事宜，报国务院批准。经过6年对灵童的寻访，1995年11月29日，按照藏传佛教仪轨和历史定制，经金瓶掣签，诞生于藏北嘉黎县的6岁灵童坚赞诺布，被认定为第十世班禅额尔德尼转世真身。中央人民政府特准坚赞诺布继任为第十一世班禅额尔德尼。12月8日，第十一世班禅坐床典礼在日喀则市扎什伦布寺举行，国务院向第十一世班禅额尔德尼颁授了金册、金印。

1990年6月国务院批准在扎什伦布寺修建十世班禅金质灵塔祀殿，并拨给6400多万元专款、600多公斤黄金、500多公斤白银以及其它各种材料。1993年，历经3年的十世班禅金质灵塔祀殿修建工程全部结束。9月4日扎什伦布寺举行了盛大的落成开光典礼，体现了国家对藏传佛教杰出领袖的崇高礼遇。

1988年10月，国务院决定拨专款维修布达拉宫，开始了历时5年的紧张施工，整个修复工程投资5300万元，是中国维修文物耗资最大的一项工程。1994年，政府又决定拨出2000万元专款继续修复甘丹寺。

1984年，自治区政府拨出专款50万元，资助西藏佛协开办拉萨印经院。几年来，印经院已印出1000多部《甘珠尔》藏文大藏经，供区内外各藏语系佛教寺庙僧人学习使用。1990年，自治区政府又资助50万元，在拉萨木如寺开始刻制十三世达赖喇嘛想要刻制而未能付诸实施的《丹珠尔》藏文大藏经拉萨版。

1983年自治区佛教协会创办西藏佛学院。1987年9月1日，中国藏语系高级佛学院由十世班禅大师和中国佛教协会会长赵朴初倡导并经党中央、国务院批准在北京成立。学员主要是来自西藏、青海、四川、甘肃、云南藏族地区和内蒙古、辽宁、新疆等蒙族地区的藏传佛教转世活佛（也有少部分学僧）。至1999年6月，共有七届大专班250多人完成学业毕业，在各自的岗位上发挥着应有的作用。