自从1398年，宗喀巴与明朝封灌顶国师——帕竹第悉扎巴坚参有书信往来以后，1399年秋，郭宗本南喀桑布和桑仆寺堪布贡去乎次成等人出名，请宗喀巴到拉萨，在布达拉为桑朴、弟瓦汉、贡塘、噶瓦林、觉摩垄等寺僧人共数百人讲经。这种各寺僧人来听宗喀巴讲经的事，以前未有。1400年，宗喀巴在噶瓦栋寺讲《菩萨戒品》、《待师五十颂》、《密宗十四根本戒》、听众四百多人。这三部经是大乘戒，比丘戒是小乘戒。小乘戒中戒条规定太琐碎、太死板。西藏僧人因此自称学大乘，尤其是修密法的人，自以为可以不守比丘戒的约束。宗喀巴此时讲大乘戒，在讲每部大乘戒之前，详细引用经论，说明守戒之必要，特别是讲《密宗十四根本戒》时，更广引著名密籍，强调修密人守戒的必要。1401年夏，宗喀巴与仁达瓦、贾乔贝桑会于囊孜顶，考虑藏地实际情况，重新制订寺规戒条。

1404年夏季，宗喀巴受帕竹弟悉、明灌顶国师扎巴坚参邀请，去闻地区住弟钦顶寺为数百僧众讲《菩提道次第广论人1407年，宗喀巴在拉萨与帕竹君臣议定，于1409年初在拉萨大昭寺举行大祈愿会。

宗喀巴在1401年至1408年，写出了八部著作，其中《菩提道次第广论》、《密宗道次第广论》，是他对显教、密宗的系统论述，合起来代表宗喀巴的佛教思想体系。《菩萨戒品释》、呼师五十颂释》、《密宗十四根本戒释》，是号召僧众遵守戒律，以及如何遵行戒律而写的。《中论广释》，是阐明他对佛家哲学的根本见解的，《辨了义不了义论》，辨析中观、唯识二派优劣。1408年明永乐帝曾派人邀请宗喀巴进京，宗喀巴因准备1409年的法会，没有应诏进京，但这件事大大提高了宗喀巴的声望。1408年，阐化工扎巴坚参亲自出名邀请宗喀巴到种布垄，宗喀巴为各寺僧众一千多人讲《菩提道次第广论》。冬末，宗喀巴回到拉萨，1409年初，即在那里举行有人给他预备好的大祈愿

1409年藏历正月初一日到十五日，宗喀巴在拉萨大昭寺主持大祈愿会。各地来参加会的僧众万余人，来观光的俗人有几万人，阐化工扎巴坚参臣为大会施主。这个会是全藏性的，正是在扎巴坚参受永乐帝封为阐化王（1406）之后，当时扎巴坚参对卫藏绝大部分地区的统治相当稳固，又由中央正式加封王爵，但是主持会的人，不是他自己（他也是僧人），而是请宗喀巴来主持，宗喀巴能成功地主持这样的大会，自然获得了全藏喇嘛界第一号人物的地位。